Per evitare di propagare malattie ai pulcini è indispensabile effettuare una buona sanificazione della incubatrice-schiusa. Si consiglia la seguente procedura: 1. Asportare tutte le parti grossolane 2. soffiare con aria compressa a bassa pressione o a distanza 3. con un spruzzino contenente acqua e un detergente neutro bagnare tutte le superfici 3. attendere qualche minuto che il detergente faccia la propria azione 4. con una spugna sfregare e pulire le superfici 6. risciacquare 7. a macchina asciutta con uno spruzzino disinfettare tutte le superfici interne ed esterne con una soluzione disinfettante delicata tipo Glutarsan della Fiem o alcol che però ha attività ridotta ma è ottimo sui motori perché evapora; evitare prodotti agressivi con cloro, candeggina, Vircon ecc... 

Il guscio d'uovo e ricco di pori che servono per farlo respirare e perdere umidità. Questa è anche una via di accesso per i microrganismi; pertanto, madre natura ha provveduto a ricoprire il guscio di una cuticola protettiva che fa da filtro. Le uova sporche non vanno mai lavate /servirebbe una procedura molto impegnativa) al limite va asportato lo sporco con un coltellino o una spugna abrasiva a secco sfregando lo stretto indispensabile per salvaguardare la cuticola.